ゼロの使い魔 ーエルフの使い魔はインファントの守護神ー

1万2千年前：宇宙人である『X星人』又は『エクシフ』が地球に襲来。彼等が操るサイボーグ怪獣『ガイガン』が当時栄えていたとされる、後にインファント島の守護神となる『モスラ』が守っていた古代文明を滅ぼす。その際にX星人は地球人と交わり、後に『ミュータント』と呼ばれる身体能力に優れた新人種を生み出すことになる。

1954年：ビキニ水爆実験。最初の怪獣『ゴジラ（通称：初代ゴジラ）』が出現。大戸島から東京へ上陸し、甚大な被害を齎すが超化学兵器『オキシジェン･デストロイヤー』にて溶解。完全に抹殺されるが全身の骨格のみが残る。この年を機に日本を中心に世界各地で巨大生物『怪獣』の存在が世界各地で確認されるようになる。

1955年：大阪にゴジラ（通称：二代目ゴジラ）が出現。同じく上陸した恐竜『アンキロサウルス』が核実験の影響で巨大化した暴龍『アンギラス』と大阪城で戦い、撃破。しかし、自衛隊により千島列島の氷山に生き埋めにされる。

1956年：阿蘇付近の炭鉱から巨大な古代トンボの幼虫『メガヌロン』が出現。さらに阿蘇山火口からメガヌロンを捕食して目覚めた古代翼竜の大怪獣『ラドン』が二頭出現。二頭共、自衛隊により撃滅。

1961年：太平洋上に存在するインファイト島で島の守護神であるモスラ（通称：親モスラ）が誕生し、人間に連れ去られた島の巫女である小美人（別名：エリアス）を本能で追い、東京に上陸。渋谷を破壊した後に東京タワーに繭を張って成虫になる。その後も小美人を追い、ロリシカ国に上陸するがニューカークシティの空港にモスラの紋章が描かれた為に空港に着陸する。空港でインファント島の調査員『中條信一』から小美人を返され、インファイト島へと帰還すると眠りにつく。

1962年：北極海の氷塊から行方不明となっていたゴジラが復活。日本に上陸後、中禅寺湖で日本に連れてこられた巨大なる魔人『キングコング』と対決するがこれを退ける。東京へと進撃するが100万ボルトの高圧電流線に阻まれ、帯電体質になったキングコングと富士山や熱海で再対決し、共に海へと落下。キングコングは海上に姿を現すが、ゴジラは浮上しなかった。

1963年：1万2千年前に海底に沈んだムゥ帝国が全世界に宣戦布告。自衛隊が所有する『海底軍艦』轟天号が海底にてムゥ帝国の守護神『マンダ』と対決し、沈黙させた後にムウ帝国を壊滅させる。

1965年：秋田に地底怪獣『バラゴン』が出現。日光白根山付近で人類に友好的な巨人型怪獣『フランケンシュタイン』と戦い、首の骨を折られて倒される。尚、フランケンシュタインもその直後に落とし穴に落ちた上で土砂による生き埋めにあい死亡。

1966年：三浦半島にフランケンシュタインの怪獣『サンダ』と『ガイラ』が出現。晴海埠頭にて二人のフランケンシュタインは戦うが、外海で海底火山が噴火したことで両フランケンシュタインは噴火に巻き込まれて海に消えていった。

尚、ガイラに対して自衛隊は殺人光線による細胞組織の徹底消滅を図る『L作戦』を実行。原子熱線砲や地上熱線砲を改良し牽引式とした『66式メーサー殺獣光線車』を実戦投入した際にガイラを放電攻撃によって瀕死においやった。この戦闘から、対怪獣戦に於けるメーサー殺獣光線車を含めた『メーサー兵器』が重要視されていく。

同年：インファイト島の隣にあるレッチ島にて秘密結社『赤イ竹』の核兵器工場から流された放射能廃液でエビが巨大化した怪獣『エビラ』がキングコングとの戦いで行方不明となっていたゴジラと対決するが、ハサミをもぎ取られ、敗北。

尚、『赤い竹』に強制連行されたインファイト島民を救うためにモスラもレッチ島に上陸。ゴジラと小競り合いをするものの、連れ去られたインファイト島民全員と協力した人間達を救出。エビラによって『赤い竹』は壊滅、島の自爆装置による核爆発によりレッチ島は地球上から姿を消す。ゴジラは核爆発寸前で海中へ脱出した。

1967年：イギリスに巨大蜘蛛怪獣『クモンガ』出現。ロンドンに巣を作り、ビック・ベンを破壊するなどの被害を与えたがイギリス軍により撃破。

1970年：度重なる怪獣の被害から国連は『地球防衛軍』を創設。また、通常の人類より優れた身体能力を持った人間（通称：ミュータント）が世界中で確認され始め、これを見た国連は怪獣に対抗する為に地球防衛軍内にミュータントを集めた『M機関』を組織する。
自衛隊が所有するメーサー殺獣光線車の半分や轟天号は地球防衛軍へと編入される。

1971年：静岡駿河湾からの工場用汚染水より公害怪獣『ヘドラ』出現。成長し、飛行能力を得たベドラにより硫酸ミストが散布され、日本全国で多くの死亡者を出す被害を与える。富士山麓にて地球防衛軍と自衛隊の連合によるメーサー兵器や轟天号の包囲網を展開するが、ヘドラが放つ悪臭や金属を腐食させるガス、目からのビームによる攻撃に地球防衛軍・自衛隊連合軍は苦戦。ゴジラも出現し、ヘドラと激戦を繰り広げる。ヘドラはゴジラの左目を潰し、右腕を白骨化させるが轟天号やメーサー兵器のメーサー攻撃、ゴジラの放射熱線を長時間受け続け乾燥。最期はゴジラの放射熱線を諸に受けて爆散。

1973年：アメリカのニューヨーク、マンハッタン島にカマキリ型怪獣『カマキラス』出現。完成したばかりのワールドトレードセンタービルを鎌で斬り倒し、北東方向に330キロを移動。通過地域に大被害を与えたが地球防衛軍の轟天号とメーサー兵器により撃破。

1984年：ゴジラが太平洋上でソ連の原子力潜水艦を撃沈させ、静岡県の井浜原子力発電所に上陸。原子炉の炉心内の放射能を全て吸収する。その後、地球防衛軍が出撃させた轟天号と交戦し、これを大破させた後に海へと消える。

東京にゴジラ上陸の危機が強まる中、アメリカやソ連は日本政府に対し、ゴジラへの戦術核兵器の使用を強く要請するも日本政府は非核三原則の立場からそれをかたくなに拒否する。

井浜原発の事件から１週間後にゴジラが東京湾に出現。待ち構えていた地球防衛軍・自衛隊連合の航空部隊、陸上部隊のミサイル攻撃や戦車砲撃、メーサー部隊による攻撃をものともせずに東京へ上陸する。地球防衛軍主力の轟天号が修理中で発進できない中、政府は首都防衛移動要塞『スーパーX』を投入。ゴジラの核反応をカドニウム弾で抑制させ、沈黙させることに成功する。

しかし、ソ連の衛星が誤作動により核ミサイルをゴジラに向けて発射される。そして、アメリカが発射した迎撃ミサイルにより撃墜に成功し、新宿都心での核爆発は回避されたが成層圏で核弾頭撃墜により発生した高高度核爆発が電磁パルスを引き起こし、電磁雲により発生した落雷のショックでゴジラが覚醒してしまう。

スーパーXが再び応戦するが、カドミウム弾を失い通常兵器でしか攻撃の手段がないスーパーXにもはやゴジラを止める術はなく、ビルを直上より倒され遂に撃破されてしまう。

だが、時を同じくしてゴジラの脳には渡り鳥と同様の磁性体があり、帰巣本能に従って行動しているのを見抜いた三原山で日本の生物物理学者『林田信』の協力を得て完成させた超音波発生装置を自衛隊が伊豆大島の三原山で起動させる。超音波によって誘導され東京を後にしたゴジラは三原山へと向かい、自衛隊が仕掛けた地雷によって人工的に噴火させられ足場のバランスを失い火口へと落下してしまう。

1989年：遺伝子工学の世界的権威『白神源壱郎』博士が5年前に日本が回収した『G細胞（ゴジラ細胞）』を用いた核物質を食べるバクテリア『抗核エネルギーバクテリア（ANEB）』を完成させる。しかし、ANEBを狙う遺伝子工学分野での市場独占を狙うアメリカ遺伝子工学産業大手4社の共同機構『バイオメジャー』により三原山が爆破、火山内部で力を蓄え成長したゴジラが復活してしまう。ゴジラは浦賀水道で自衛隊・地球防衛軍連合の護衛艦隊やスーパーXの後継機である『スーパーX2』と交戦。スーパーX2のファイヤーミラーに苦戦するものの、これらを破る。

同時期、芦ノ湖にゴジラと薔薇、さらに人間の細胞を組み込んで誕生したバイオ怪獣『ビオランテ』が出現。始めは人間の意志が入っているように見えたが次第に怪獣のものへと変貌していく。そこへ、小田原へ上陸したゴジラも出現し、自らの分身と呼ぶべきビオランテと対決し、放射熱線で撃破。ビオランテは炎上し金色の粒子となって消滅、ゴジラはそのまま駿河湾へと消える。

数日後、ゴジラは大阪に上陸。当初、エネルギー補給の為に若狭湾の原発群へ向かうと予想し、最短距離の名古屋を通るとして伊勢湾に戦力を集結させていた地球防衛軍と自衛隊だが、自衛隊特殊戦略作戦室の『黒木翔』の判断によりスーパーX2のみを大阪に、残りの戦力を若狭湾へ向かわせてゴジラを迎え撃つ作戦へと変更する。

大阪にて自衛隊はスーパーX2を囮にして、ゴジラへANEBを撃ち込む作戦を決行。浦賀水道でファイヤーミラーを破損していたスーパーX2は撃墜されるが、一瞬の隙を突いてANEBを撃ち込むことに成功する。しかし、14時間近くを経過しても効果は現れず、ゴジラは若狭湾を目指す。

その後、筑波生命工学研究所の若きエースである『桐島一人』により「ゴジラの体温が低いためにANEBの活性化が抑えられている」という仮説を受けて、黒木は若狭にサンダーコントロールシステム（TCS）を設置。人工落雷によってゴジラの体温を上げる作戦を立案。さらに地球防衛軍から5年前にゴジラとの交戦で大破した轟天号を改良した後継機である『新・轟天号』が出撃可能との報告を受け、若狭湾沿岸に地球防衛軍・自衛隊の兵力を総結集させる。

作戦の最中でようやくANEBは効力を発揮し始めるが、ゴジラの進行は止まらない。しかし、上空から光り輝く粒子が降り注ぎ、地下から更なる進化を遂げたビオランテが出現し、ゴジラと戦い始める。ゴジラ以上の巨体に口のついた触手、さらには黄色の強酸性放射能樹液、巨大な口腔での噛み付き攻撃でゴジラを追い詰める。対するゴジラも放射熱線を吐き続けたが次第にANEBの効果を受け、昏倒。そして、ビオランテは失っていた人間の心を取り戻し、最後は自らの意思で黄金の粒子となって宇宙に消えて行き、再覚醒したゴジラも日本海へと去っていった。

1991年：オーストラリアに魔海獣『ダガーラ』が出現。体内で生み出したオニヒトデを思わせる生物『ベーレム』の毒液により、オーストラリア近海に環境汚染を拡大させ、シドニーへ上陸。オペラハウスを破壊するなどの被害を与える。事態を大きく見た地球防衛軍は新・轟天号を派遣させるが、ベーレムの毒のために攻撃ができないでいた。そこへ、インファイト島から目覚めたモスラが飛来し、ダガーラと戦闘を開始。地球防衛軍はモスラに同行する為に小型モスラ『フェアリー』に乗る小美人のエリアス姉妹『モル』と『ロラ』の提案でモスラを囮にし、オーストラリアからダガーラを追い出す案を受けて、モスラとの共闘を決定。人類と怪獣による初の共闘作戦が実施された。

モスラの挑発を受けたダガーラはモスラを飛行しながら追跡し、オーストラリアを去る。その後、沖縄でモスラと轟天号はダガーラを迎え撃つが両肩の突起が大型化した強化型へダガーラは変貌する。強化型のダガーラの凝縮したベーレム毒素の光線や両肩からベーレム毒素を弾にした攻撃にモスラと轟天号は苦戦を強いられるが、沖縄の守護神『キングシーサー』が目覚め、ダガーラを敵と認識。沖縄を守る為、モスラ・轟天号に加勢する。前方のキングシーサーには光線を反射され、後方からモスラの鱗粉攻撃や轟天号からのメーサー砲やミサイルによる追撃を受け、挟み撃ちにされるダガーラだが、それでも倒れず戦局は均衡する。そこへ、ダガーラの存在を感じ取ったゴジラが参戦。ダガーラは標的をゴジラに定め、ベーレムによる毒攻撃を行うが全て体内放射で無力化されてしまい、光線攻撃へと切り替える。ゴジラとダガーラによる熱線と光線の撃ち合いを続ける中、これまでの戦闘で蓄積したダメージにより動きが鈍ったダガーラに轟天号が冷凍メーサー砲を発射。氷漬けにされたところでゴジラの熱線が直撃し、爆散する。その後、ゴジラはモスラとキングシーサー、轟天号と一触即発の危機になるが興味をなくしたのか、海へと去っていき、キングシーサーは戦闘後、元の場所で眠りについた。尚、ダガーラの死亡に伴い、オーストラリア近海や沖縄近海にて確認されていたベーレムは全て消失した。

1992年：地球防衛軍が対ゴジラ作戦用飛行型機動ロボット（Mobile Operation Godzilla Expert Robot Aero-type）である『MOGERA』を建造。また、自衛隊がスーパーX2の後継機であり、原発事故や核攻撃を想定して作られた多目的大型戦闘機『スーパーXⅢ』を開発。

1994年：宇宙から彼方からは地球へ巨大な宇宙怪獣が接近していた。それはかつて宇宙へ飛散したビオランテのG細胞が決勝生物を吸収して異常進化したと言われる戦闘生物『スペースゴジラ』だった。

アステロイドベルトで迎撃に出たMOGERAを難なく撃破。その後、ニューヨーク、パリ、イスタンブール、北京と世界各地を襲撃し、日本の福岡へと上陸。市内都心部を無数の結晶体で埋め尽くし、バトルフィールドを構築する。

スペースゴジラは強力な電磁波を発しており、電子機器に干渉して動作障害や通信障害を発生させることがわかり、メーサー部隊と新・轟天号は出撃不能となる。しかし、地球防衛軍は急ピッチで強力な電磁波に対抗するMECM、複合センサーシステム装備などの対スペースゴジラ武装強化タイプへの強化改修をしたMOGERAをスペースゴジラ迎撃に出撃させた。

さらに同じG細胞を持つスペースゴジラに惹かれたのか鹿児島からゴジラが上陸し、福岡へ北上を開始。また、スペースゴジラから地球を守る為にインファイト島からモスラも飛来し、福岡で4者が対峙。ここに不本意な状況である中、モスラ・人類とゴジラによる初の共闘作戦が実施された。

3対1の不利な戦闘にもかかわらず驚異的な戦闘力で3者を苦戦させるが地球防衛軍はゴジラの行動からスペースゴジラが福岡タワーを経由して莫大な宇宙エネルギーを得ている事を見抜く。タワーを破壊するためにMOGERAは『スターファルコン』と『ランドモゲラー』へと分離。スターファルコンとモスラがスペースゴジラを牽制してる間にランドモゲラーが福岡タワーの基礎を破壊。さらにゴジラがタワーを倒壊させ、スペースゴジラのエネルギーの供給源を断つことに成功する。

再度MOGERAに合体すると、スペースゴジラのエネルギーを受信する役目を担う両肩のクリスタルジェネレーターの内、左肩をスパイラルグレネードミサイルで破壊し、オールウェイポンで大ダメージを与えるがスペースゴジラのコロナビームで左腕部を破壊される。残った右腕部から発射されたスパイラルグレネードミサイルによって右肩のクリスタルジェネレーターを破壊するが、テールスマッシャーを受けてプラズマメーサーキャノンと胸部、エンジンを破壊され、機能停止となる。その後、搭乗パイロットの一人によるでたらめな操作によって再起動し、スペースゴジラへ特攻しビルに激突。再度、機能停止する。

その後、MOGERAによって致命傷を負わされたスペースゴジラはモスラが放つ毒鱗粉で動きを抑えられるとゴジラの放射熱線の連射を受けて力尽きる。再度はスペースゴジラのエネルギーを吸収して放たれたゴジラのバーンスパイラル熱線を三発受けて、爆発。結晶化した粒子は宇宙に散っていった。尚、大破したMOGERAも熱線を受け、炎上したが搭乗したパイロット3名は無事脱出した。

1995年：青海トンネルの工事現場で工事用パイプが溶解するトラブルが相次いで発生。しながわ水族館では魚が突然水に食われるかのように白骨化する怪事件が起きる。

その原因は、嘗て1954年にオキシジェン･デストロイヤーを使用して初代ゴジラを抹殺した際、海底に眠っていた古生代の微小生命体が無酸素環境下で復活し、異常進化を遂げた完全生命体『デストロイア』であることが判明する。

デストロイアは急速に巨大化し、人間大の大きさとなって警視庁の対ゲリラ特殊部隊『SUMP』と交戦し、隊員の身体を溶かして殺害するなどの被害を与える。地球防衛軍・自衛隊の連合軍はデストロイアが微小化した酸素『ミクロオキシゲン』生成能力を得ており、極低温が弱点であることを突き止める。直ちに自衛隊の冷凍メーサー部隊が交戦。冷凍攻撃に大ダメージを受けたデストロイアは自衛隊の攻撃に対して集合・合体し、40メートルの集合体や飛行体と化して破壊の限りを尽くす。時同じくして、1956年に日本を襲ったラドンの同族であり、強化型の『ファイヤーラドン』がデストロイアを襲撃するが、難なく撃退される。

そこへ、デストロイアの存在を感じとったゴジラも出現し、デストロイアとの戦闘に突入。再度集合体となったデストロイアにビルの陰に隠れてからの奇襲攻撃や嘗て初代ゴジラを葬ったオキシジェン・デストロイヤーに匹敵する光線『オキシジェン・デストロイヤー・レイ』に苦戦し、体液を獲物の体内に抽入して内部を溶かす攻撃で大ダメージを受けるが隙を突いての放射熱線を立て続けに発射し、吹き飛ばす。デストロイアは飛行体で逃げようとするが、ゴジラからの追い討ちの熱線が直撃して品川火力発電所へ墜落し、爆発に巻き込まれる。

しかし、デストロイアはまだ死んではおらず、ゴジラのG細胞と品川火力発電所から吸収したエネルギーから完全体となり、東京湾へ戻ろうとしていたゴジラを急襲。オキシジェン・デストロイヤー・レイや角からミクロオキシゲンを放出して刃を作り敵を切り刻む『ヴァリアブル・スライサー』でゴジラを圧倒し、瀕死に追い込む。しかし、残り少ない命を振り絞って飛び立ちゴジラの元へ降り立ったラドンの生命エネルギーを吸収したゴジラが復活。風化したラドンの粉とゴジラから発せられた高熱や強化されたゴジラの『ハイパーウラニウム熱線』の猛攻に大ダメージを受けて、徐々に劣勢になる。止むを得ず、空中への逃走を図るが、デストロイア討伐の為にやってきた自衛隊のスーパーXⅢや冷凍メーサー部隊、地球防衛軍の新・轟天号からの集中攻撃を受け、さらに翼を破壊されて地上に墜落し、死亡した。ゴジラはラドンの力で復活したものの、身体中に傷を負っていた為に戦意喪失。太平洋へと去っていく。

1999年：日本政府が極秘裏に東京湾に沈む嘗てオキシジェン・デストロイヤーで倒した初代ゴジラの骨を千葉県館山沖の海底から引き揚げる。しかし、その数日後に台風と共にデストロイアとの戦いの傷を癒したゴジラが館山に上陸。自衛隊と地球防衛軍の連合軍がゴジラ追撃を行なったが撃退され、ゴジラは太平洋に姿を消す。

引き揚げられたゴジラの骨は当時首相だった『柘植真智子』指揮の下で科学技術庁長官『五十嵐隼人』をリーダーに日本の有数の科学者達を招集して対G兵器の開発に利用され、ゴジラの骨格を基盤とした最強の対G兵器『メカゴジラ』の開発、『機龍(メカゴジラ)プロジェクト』が始まる。

2001年：『対G特殊部隊』がプラズマ・エネルギーの原理を応用したマイクロブラックホール兵器『ディメンション・タイド』を開発。廃校となった山梨県の小学校で試射実験後、マイクロマシンの若き天才『工藤元』の協力によって小型化に成功。種子島宇宙センターから人工衛星に搭載され、宇宙へ打ち上げられた。その後、ゴジラを誘導し、ディメンション・タイドによる消滅を図る『G消滅作戦』を自衛隊と共に奇岩島で開始する。

時同じくして、山梨県の山中より嘗て1956年に九州の炭鉱を襲撃したメガヌロンの成虫『メガニューラ』がディメンション・タイドの実験の際に生じた時空の歪みから出現。更にメガニューラによって産み落とされたメガヌロンが渋谷の地下水脈を崩壊させ水没させる。無数のメガヌロンは羽化してメガニューラになると、群れをなして奇岩島でゴジラに襲いかかるが、群れの大半はゴジラや調整不足のディメンション・タイドに壊滅させられる。生き残りは水没した渋谷に舞い戻り、水底で眠る巨大なメガニューラのボス『メガギラス』にエネルギーを与え、羽化したメガギラスは渋谷を破壊すると姿を消す。

ディメンション・タイドから逃れたゴジラはメガギラスの気配を察知し、東京・お台場へ上陸するがその前に渋谷を破壊したメガギラスが飛来し、戦闘へ突入。自衛隊はディメンション・タイドにより両者の消滅を図るが、メガギラスの超高周波によりディメンション・タイドが故障。

ゴジラはメガギラスの素早い動きや尻尾の針を突き刺されエネルギーを吸収し、熱線の放射を止められるなど苦戦するが、鋭利な背びれでメガギラスの左手を切断し、ハイジャンプからのボディプレスで反撃する。最後は自分に突き刺そうとした尻尾の針を噛みちぎり、逃げ出そうとしたメガギラスを放射熱線で倒し、太平洋へと消える。ディメンション・タイドは復旧させられず『G消滅作戦』は失敗に終わり、ディメンション・タイドは長い修理に追われることになる。

2002年：平賀才人が生まれる。

2003年：超攻撃型メカゴジラ『3式機龍』が完成。柘植真智子首相が辞職し、五十嵐隼人が新首相に就任。機龍を運用するために、自衛隊の選りすぐりの隊員達で『機龍隊』が結成され、機龍を遠隔操縦するオペレーターに『八代茜』が任命される。

機龍のテスト機動が開始されたとき、ゴジラが東京湾に出現し、八景島に上陸。機龍隊が出動し、機龍を発進させる。ゴジラの前に立ちはだかった機龍はロケット弾とメーサーで徐々にゴジラを追いつめ最終兵器『アブソリュート・ゼロ』でとどめを狙うがゴジラが天に向かって咆哮すると突然、コントロール不能に陥り、ゴジラを逃してしまう。機龍隊が機龍を回収しようとすると、機龍がまるで意志を持ったかのように街を破壊し始め、体内のエネルギーが尽きるまで暴走し、八景島周辺を全壊させる。

機龍プロジェクトチームはゴジラの声が機龍のDNAコンピューターに干渉したのが原因だと突き止め、当初使用していた骨に残留している初代ゴジラの骨髄間質細胞をDNAコンピュータの塩基に修飾塩基に変えてゴジラと違うものに変えることで再度の暴走を回避させる。

その後、東京湾から再びゴジラが出現し、品川へ上陸。再び機龍隊に出動が五十嵐から命じられる。機龍は品川でゴジラと死闘を繰り広げ、右腕とアブソリュート・ゼロを失いながらも、ゴジラの胸に傷を負わせ、ゴジラ撃退に成功。結果的に痛み分けとなる。

2004年：機龍の修復が進む中、エリアス姉妹のモルとロラ、さらに怪獣ロボット『ガルガル』に乗る二人の長女『ベルベラ』が嘗て同族のエリアスを救った中條信一とその甥で機龍の整備士ある『中條義人』に機龍製作のために使われたゴジラの骨を破棄するよう勧告する。信一が旧友でもある五十嵐にこの件を嘆願するが、ゴジラ達怪獣に対抗しうる手段が機龍しかない現状から拒否される。だがエリアス三姉妹の警告は真摯に受け止めており、ゴジラを駆逐した後は、機龍を即刻破棄するつもりでいた。

一方、M機関の隊員である『尾崎真ー』が国連から派遣された科学者『音無美雪』の護衛として、北海道沖にて発見された怪獣のミイラの調査に向かう。ミイラの調査中に日本政府に機龍破棄を勧告したエリアス三姉妹が現れ、ミイラのサイボーグ怪獣であるガイガンと1万2千年前でのモスラとガイガンの因縁を語る。

その頃、日本人初の国連事務総長である『醍醐明』の乗った飛行機が消息を絶つ。それを契機として、アメリカ・ニューヨークにラドン、アリゾナにクモンガ、中国・上海にアンギラス、フランス・ノルマンディーにマンダ、パリにカマキラス、オーストラリア・シドニーに恐龍『チタノザウルス』、日本・東京コンビナートにエビラとヘドラ、沖縄に昆虫怪獣『メガロ』が同時に出現。

地球防衛軍や機龍が修復中で出撃できない機龍隊に変わってエビラから東京の防衛に出た自衛隊は苦戦するが目の前で突如怪獣が消滅。さらに巨大なUFOが東京上空に出現する。中からは醍醐が姿を現し、X星人に救出されたと語る。

X星人は地球に流浪の妖星『ゴラス』が迫っていると危機を呼びかけ、友好の証として怪獣を消滅させたのだという。これにより、世界はX星人との友好ムード一色となる。

しかし、X星人の友好的態度に疑問を持った尾崎は美雪、新･轟天号艦長『ダグラス･ゴードン』大佐、醍醐の親友でもある日本政府の五十嵐、機龍隊の面々と共に調査。その結果、美雪の姉・杏奈が司会を務めるテレビ番組において醍醐や妖星ゴラスが偽物であると証明、友好の裏で地球の乗っ取りを進めるX星人の企みを看破に成功する。

偽りを看破されたことに焦りを見せたX星人の司令官を参謀が射殺、自らが新たな統制官となり、地球人を家畜呼ばわりして地球の武力制圧を宣言する。また、X星人によって消滅を偽装されていた怪獣たちが再び姿を現し、都市を蹂躙して地球防衛軍の空中戦艦をことごとく沈めていく。さらにミイラ化していたガイガンまでもが復活し、東京の地球防衛軍本部を破壊。平賀地球は崩壊の危機を迎える。3歳だった平賀才人も巻き込まれるが母親に連れられて八王子の避難所へと避難に成功する。

しかし、自衛隊特殊戦略作戦室の黒木率いるメーサー部隊やデストロイア戦で活躍した冷凍メーサータンクが東京でガイガンの猛攻を抑えることに成功。さらに沖縄のメガロは再び目覚めたキングシーサーと交戦し、敗北するなど地球側の反撃が始まる。

一方、本部を破壊された地球防衛軍は残された戦力をゴードンが指揮し、地下ドックにある新・轟天号に乗り込む。ここでゴードンは自衛隊を指揮する黒木、機龍のドックがある八王子駐屯地でX星人の攻撃を免れていた五十嵐率いる機龍プロジェクトチーム、機龍隊隊長『富樫』に世界中で暴れる怪獣達を倒せるのはゴジラしかいないと訴え、ゴジラが怪獣達の相手をしてる間にX星人を倒し、最後に我々の手でゴジラを倒すという作戦を要請する。賭けとも言える無茶苦茶な案に当初、黒木や五十嵐、富樫は困惑するが、そこへ嘗てメガギラスの超高周波で故障したディメンション・タイドがようやく復旧し、いつでも発射可能という吉報が黒木に届く。これに五十嵐が作戦に協力を決意。黒木も賛同し、五十嵐が正式に作戦参加の承認を出す。しかし、先のゴジラとの戦いで破損したアブソリュート・ゼロが修復不可能となり、代わりに『3連装ハイパーメーサー砲』への換装、『新型バックユニット』の装備、そして右腕に『スパイラル・クロウ』を内蔵するなどの大幅な武装を見直した『3式機龍《改》』は本体のDNAコンピュータの修復がまだ未完いう不完全な状態だった。

ここに人類を守る最終作戦『オペレーション・ファイナルウォーズ』が日本政府の承認の元で地球防衛軍・自衛隊・機龍隊の連合軍により発動され、轟天号と機龍、スーパーXⅢが発進する。

轟天号は太平洋にいるゴジラを呼びに、黒木率いる自衛隊と富樫率いる機龍隊は東京で破壊活動を続けるガイガンの相手をする。当初はガイガンを抑え込んでいた自衛隊だが徐々に追い込まれていき、黒木が搭乗するスーパーXⅢもガイガンの猛攻により機能が低下していたが、茜が操縦する機龍の参戦により形成は逆転。ガイガンは目からの破壊光線『ギガリューム･クラスター』で機龍を翻弄するが一瞬の隙を突かれ、3連装ハイパーメーサー砲で頭部を破壊され撃破される。しかし、倒されたガイガンは直ぐにX星人の大爪形態UFOに回収させられ、破壊された頭部を新造、両腕をブラッディ・チェーンソーに換装されるなどの強化改造を施された『改造ガイガン』として機龍と再戦する。再び立ちはだかったガイガンに機龍はレールガンとバックユニットを解除した『高機動型』となり奮闘するがエネルギー不足に苦しみ、とうとう動けない状態に陥る。自衛隊と機龍隊は絶体絶命となるがX星人から地球を救う為にインファント島からモスラが飛来。動けない機龍の代わりに１万２千年前の先祖の仇討ちをするかのようにガイガンと戦うが空中戦においてチェーンソーで羽の一部を切断され、一度は戦闘不能となる。

一方、太平洋へゴジラを呼びにいった轟天号は途中、作戦を妨害しようとしたマンダを破るとグレートバリアリーフでゴジラを発見し、誘導していく。轟天号に誘導されたゴジラはシドニーでチタノザウルス、ニューギニアでクモンガ、真鶴でカマキラス、富士のすそ野でアンギラスとラドン、東京湾でヘドラとエビラを撃破し、X星人の母艦『マザーシップ』へと近づいていく。ここでX星人統制官は妖星ゴラスに乗った宇宙超ドラゴン怪獣『キングギドラ』を切り札として宇宙の彼方から呼び出す。ゴラスがゴジラのハイパースパイラル熱線で破壊するとその中から炎の塊が徐々に形を変えてキングギドラが姿を現し、ゴジラとの戦闘に突入する。だが、途中で機龍とモスラを破ったガイガンがキングギドラとタッグを組み、ゴジラを追い込む。

その頃、動けない機龍を再起動する為、整備班の義人が自ら戦地に赴き修理を施し、遠隔操作システムを復活させる。エネルギー量も関東地方を丸ごと停電にして機龍のエネルギーに回すという大胆な作戦で乗り切り、しらさぎを経由して供給に成功。機龍隊が義人が機龍から離れたのを確認すると茜の操縦により機龍を再起動させる。さらに撃墜されたと思われたモスラもタッグを組んできたガイガンとキングギドラを突進技『ボンバーラリアット』で撥ね飛ばし、ゴジラの窮地を救う。

一方、轟天号はマザーシップに突入するが、X星人により船員の大半を壊滅させられ、ゴードンや尾崎、美雪を含めた生き残りは囚われの身となるが直ぐに反撃、監禁されていた醍醐も同じく囚われの身になっていた地球防衛軍の司令官『波川玲子』と地球防衛軍高官『国木田』と共に自力で脱出したことで救出に成功する。尾崎はエリアス三姉妹の援護を受け、統制官と死闘を繰り広げ勝利を収める。だが、統制官はマザーシップを自爆させ尾崎達を道連れにしようと自害。轟天号は救い出した醍醐達とギリギリで戻った尾崎を乗せて、爆発寸前のマザーシップから間一髪で脱出に成功した。

自分達を操る司令塔を失ったガイガンとキングギドラだが、それでも戦いは終わらない。ガイガンはモスラ・機龍と再戦、飛んで来たモスラをブラデッド・スライサーで油断させた隙に隙に放ったギガリューム・クラスターによって倒したかに見えたが、モスラの放った毒鱗粉で隙に軌道を狂わされたカッターによって右腕のチェーンソーを切断され、長後に大爆発の爆炎を纏ったモスラの体当たり『ファイヤー・ヒート・アタック』を諸に受け、さらにモスラの攻撃を受け怯んだ隙に後ろから機龍の3連装ハイパーメーサー砲を喰らい戦闘不能となる。一方のキングギドラは上空から『引力光線』でゴジラを苦しめていたが一瞬の隙をゴジラに尾をつかまれてしまい、何度も地面に叩きつけられて地面へと落下。さらにゴジラからマウントポジションを取られて背中を何度も殴りつけられた後に放射熱線を何発も喰らい、大ダメージを受けたところで戦意喪失、右腕を失ったガイガンと共に宇宙へと逃走する。勝利の雄叫びを上げるゴジラだが、モスラと轟天号、スーパーXⅢに搭乗する黒木率いるメーサー部隊、機龍と対峙するものの、もう気が済んだのか太平洋へと去っていく。

その数ヶ月後、『オペレーション・ファイナルウォーズ』の締めであるゴジラを倒す為に地球防衛軍・自衛隊・機龍隊の全戦力とモスラが南極でゴジラを追い込むことに成功。追い込まれたゴジラは轟天号とスーパーXⅢの冷凍攻撃にモスラが放った毒鱗粉を浴びせられると機龍のスパイラルクロウで体を貫かれて怯んだところに機龍から放たれた3連装ハイパーメーサー砲と2連装メーサー砲を同時に喰らい、戦意喪失し倒れる。その隙に南極上空の宇宙空間にある衛星からのディメンション・タイドに砲撃され、完全に消滅。ここに50年間も人類を苦しめた怪獣王『ゴジラ』は地球上から姿を消したことで『オペレーション・ファイナルウォーズ』は終了し、モスラとエリアス三姉妹はインファント島へと帰還する。ここに人類と怪獣による長い戦いに終止符が打たれた。

同年：モスラ、『オペレーション・ファイナルウォーズ』でゴジラとガイガンとの戦いで負ったダメージを回復するためにインファント島で眠りにつく。

2006年：ゴジラが消滅したことで五十嵐が機龍の破棄を発表。機龍隊は解散の声もあったが、未だ見ぬ怪獣の脅威から五十嵐の決意により『新たな機龍』を作ることが決まりを続投が決定される。

機龍は機龍隊や黒木率いる自衛隊、五十嵐率いる機龍プロジェクトチーム、先の戦いで生き残った地球防衛軍の生き残りが見送る中、日本海溝へと沈められた。尚、沈められる際に茜が乗るしらさぎ二号機に自分を命がけで修理した義人やオペレーターの茜に対し、モニターを介して「SAYONARA YOSHITO」「SAYONARA AKANE」という最後のメッセージを送った。

同年：スーパーXⅢと新・轟天号、『オペレーション・ファイナルウォーズ』でのダメージ損傷や老朽化により破棄が決定。自衛隊と地球防衛軍、スーパーXⅢと新・轟天号の後継機製造を始める。

2007年：国連で醍醐の後押しにより人類に友好的な怪獣の保護を目的とした『怪獣保護条約』が制定される。保護対象にモスラとキングシーサーが指定され、キングシーサーが眠る沖縄県恩納村の万座毛の岩壁とモスラが生息するインファント島は国連の管理下に置かれることになった。

2019年：モスラが産卵の為に再び目覚め、インファント島でエリアス三姉妹が見守る中、卵を産む。

同年：平賀才人、ルイズによりハルケギニアへ召還される。その数日後にインファント島を巨大な嵐が襲う。モスラが産んだ卵が海へ流されるがティファニアがエリアス三姉妹ごとハルケギニアへ召還する。モスラとフェアリー、ガルガルはインファント島に置き去りにされた。