エヴァンゲリオン3号機ネルフ本部へ そして第４使徒来襲
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ネルフ本部 第３実験場
此処ネルフ第３実験場ではアメリカより急遽送られて来たエヴァンゲリオン参号機の起動実験が行われようとしていた。本来なら第２実験場が使用される筈だったのだが、そこには零号機の暴走実験によって使用不可能となっている。零号機は特殊ベークライトに固められており、停止信号プラグが挿入されたままで放置されている。使いたくても使えない状況にあるのだ。そして何故エヴァンゲリオン参号機が本部に送られて来たかと言うと、シンキ達『グライナルリーゼズ』が使徒を殲滅した翌日に碇 シンジと名乗る銀髪の赤い瞳の少年がネルフに来たのだ。その少年のＤＮＡを調査した結果、ネルフのデータベース上にある碇 シンジと完全と一致したのだ。だが守衛室に落ちていたシンキの髪のＤＮＡも調べた所、そのＤＮＡも一致した。謎が深まったが、ネルフは彼をサードチルドレンとして迎え入れる事とした。
そして後日初号機とのシンクロ実験に入ったのだが、初号機とシンクロする所かシンジを強く拒絶。シンジを取り込もうと暴走しかかったのだ。その前にシンジは脱出に成功したが初号機は凍結処分とされた。ネルフのもう一人のパイロット、綾波 レイもシンジの前にシンクロ実験をしたが、初号機はレイも拒絶したのだ。その為、ネルフは人類補完委員会に要請し、また未調整未完成の参号機を急遽本部へと移動させたのだ。この事でゲンドウは委員会から散々小言と恨み事を言われたが。因みに、何故初号機が起動しなかったかというと、キラとシンという神に近い大天使が発する霊力が原因である。その影響で初号機のコアユニットが特異変異を起こしてしまい、神かその従属の物しか受け付けない機体へと変化してしまったからである
「シンジ君、準備は良いかしら？」
『はい、問題ありません』
リツコが管制室のモニターを通じてプラグ内で備えているシンジに問いかける。青い特別なスーツ、プラグスーツを着ているシンジは笑顔でそれに答える。ＬＣＬが注入されているのか、モニター越しに映るエントリープラグ内は明るい。ＬＣＬとはエヴァンゲリオンのコックピット、エントリープラグ内に注水される液体で、肺の中に満たすことで液体呼吸を可能と出来る。電荷する事で分子配列を変化させて擬似的なスクリーンを形成し、神経接続もこれを媒介に行う事も出来る
「始めるマヤ」
「はい、Ａ１０神経接続開始します」
マヤは目の前のキーボードに指を走らせた。順調に実験は進められている普通ならばシンクロする事は出来ない。パイロットとエヴァをシンクロさせる為には近親者の魂をコアユニットにインストールさせる必要がある。参号機のコアにはシンジとは全く関係人間の魂が入っている為にシンクロする事は理論上不可能なのだ
「（よし、これが参号機自身の魂か）」
シンジは使徒としての力を用い
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