大まかな設定（たまに書き換えアリ）、という名の無駄に長い設定
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特殊能力と常人を越える身体能力を持つミュータント（外見は人間と変わりない）で構成されたエリート戦闘部隊。
ミュータントは、セカンドインパクト後に覚醒した者がほとんどで、生まれた時からを入れると年齢層が若い。（３０〜１５歳ぐらい）
様々な乗り物の操縦や運用、怪獣相手に生身でロケットランチャーやメーサー銃などの武器で戦えるほどである。
士官以外は、上下黒のつなぎのジャンプスーツ、黒いブーツとグローブ、透明なプロテクターを背中、胸、手足などにつけたものを身につけている。
対怪獣の戦闘部隊が本業だがゴジラが復活するまでセカンドインパクト後の世界の復興のために高い身体能力と特殊能力を使って尽力する組織として活動しミュータントへの偏見と差別を無くした。ゴジラが復活してからもゴジラがいない時は復興の仕事の方も続けている。（兵士向けじゃない方はこっちを担当）
突出した素質（ミュータントで稀に生まれるカイザーと呼ばれる存在）持つが根が優しい尾崎と、戦いに関しては容赦なしで手段も選ばない風間の二人がＭ機関でもっとも強い者として認知されている。
第三新東京でサキエルを殺した後に初号機に乗っていたシンジがゴジラに襲われた恐怖から精神的に大きなダメージを受けたため、その治療のために保護したのはＭ機関。
ミュータント達の感応能力でシンジを癒すことになる。このためシンジは、地球防衛軍の保護下におかれネルフ（ゲンドウ）から遠ざけられる。
能力が最も高く心優しい尾崎とシンジが仲良くなるのだが、シンジの治療の時にシンジの壊れた心に精神をダイブさせた時、様々な要因が重なってサードインパクトによる人類補完計画のことを暴いてしまう。しかし全部ではない。（首謀者が誰なのかは分かってない）
・ミュータント
『ファイナルウォーズ』より。※原作と違いミュータントの出自などが異なります。
セカンドインパクト後に世界各地で確認されるようになった特殊な能力と優れた身体能力を持った新人類。
最年長は３０代前後と若年ばかりで、しかもセカンドインパクト間もなく後天的にミュータントになった者（１５歳ぐらいの時）と、生まれた時からミュータント（１５歳前後）に分かれる。
彼らのような存在が生まれるようなったことについては、セカンドインパクトによる大災害を生き延びようとする生存本能が人類の潜在能力を引き出したという説が一般的に広まっている。またミュータントの出生率が高い地域は、セカンドインパクトで特に被害が酷く復興も進んでいない場所であることが多いのでこの説は概ねあっているようである。
ミュータントの中に、特に強力な突然変異した個体である“カイザー”が数百万分の一の確率で生まれる。現在発見された“カイザー”は、尾崎だけである。
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